Die Anfänge der Jenaer Hochschule sind in der Niederlage Johann Friedrichs I. von Sachsen im Schmalkaldischen Krieg 1546 und der damit verlorenen Kurwürde samt Wittenberger Universität zu sehen. Wie es an diesem Tiefpunkt der Macht zur Gründung einer neuen Hochschule kam und wie diese in den folgenden Jahrzehnten zum „Kleinod“ der Ernestiner wurde, wird innerhalb der Führung vorgestellt. Zudem geht es um die Frage, wie die Universitätsgründung in Jena etwa 100 Jahre später die Entstehung eines eigenen Fürstentums Sachsen-Jena beeinflusste. Wer waren die Fürsten von Jena? Wo und wie haben sie gelebt? Und in welcher Weise waren sie mit „ihrer“ Universität verbunden?